Immediatamente dopo Monaco, gli sforzi dei politici slovacchi per l’autonomia raggiunsero il loro apice, annunciato il 6 ottobre dal cosiddetto Trattato di Ilina e costituzionalmente confermato alla fine di novembre, quando il nome della repubblica fu cambiato in Boemia. Slovacchia. Oltre alla terra slovacca, anche la Rus subcarpatica ottenne l’autonomia. Il capo del governo slovacco divenne Jozef Tiso, che dopo la morte di Andrej Hlinka nel 1938 divenne presidente del suo partito popolare. Quest’ultima divenne la forza politica dominante e nel corso della caduta eliminò il sistema dei partiti pluralisti in Slovacchia.

Nel febbraio 1939, i ministri slovacchi guidati da Tis discussero di aiuti finanziari alla Slovacchia a Berlino, ma la promessa era subordinata allo scioglimento della Cecoslovacchia. La Seconda Repubblica terminò il 14 marzo 1939 con la dichiarazione di uno stato slovacco indipendente, il giorno dopo arrivò l’occupazione della Boemia e dell’altra Moravia e il 16 marzo Adolf Hitler emanò un decreto che istituiva un protettorato.

Le prime persone che dovettero lasciare le loro case furono i residenti del confine ceco a seguito dell’Accordo di Monaco del 29 settembre 1938. Monaco era pensato per i residenti non tedeschi che non desideravano diventare cittadini di seconda classe dell’Impero tedesco . , la necessità di lasciare immediatamente la propria proprietà e reinsediarsi nell’entroterra ceco. Alla fine del 1938, oltre 114.500 cechi, 11.500 tedeschi antifascisti, 7.000 ebrei e circa un migliaio di persone provenienti da altri paesi erano fuggiti dalle zone di confine.

Dopo l’occupazione tedesca del resto della Repubblica Ceca nel marzo 1939, i nazisti pianificarono la graduale germanizzazione della popolazione ceca, possibilmente il reinsediamento o la liquidazione. Il primo passo è stato quello di rompere l’insediamento ceco con enclavi di immigrati tedeschi (spesso dall’Europa orientale). Tra le prime a partire ci furono persone provenienti dalle vicinanze dei campi di addestramento militare di Brdy, Milovice e Vyškov, dove nel maggio 1942 quasi 15.000 persone avevano perso la casa. A Drahanská vrchovina in Moravia, dove gli invasori volevano creare un’isola tedesca collegata ai Sudeti a Prostějovská e all’insediamento tedesco di Vyškovská, più di 5.000 famiglie provenienti da circa 30 villaggi furono sfollate con la forza.

La migrazione forzata sulle terre ceche non si è conclusa con la liberazione. Dopo la guerra, quasi tre milioni di tedeschi e decine di migliaia di ungheresi dovettero lasciare la Cecoslovacchia restaurata e i loro possedimenti.